"Yaratılışa ve maddiyata dair meselelerde Kur'ân müphem geçmiştir" dedikleri ikinci şüphelerine cevap, şöyle ki:
Şecere-i âlemde, meylül-istikmâl vardır. Yani, kâinatın, bir ağaç gibi, bütün zerrâtı ve eczası kemâle meyleder ve kemâle doğru yürümektedirler. O umumî meylü'l-istikmâlden ayrı olarak, insanda da meylü't-terakki vardır. Bu meylü't-terakki çekirdek gibidir; neşvünemâsı pek çok tecrübeler vasıtasıyla olur ve çok fikirlerin mahsulü olan neticelerin içtimâıyla teşekkül ve tevessü etmekle fünunu intaç eder. Bu fünun da, mürettebedir. Yani her ikinci fen, birincisinin neticesidir. Birincisi olmasa, o olamaz. Birincisinin ona mukaddeme ve ulûm-u mütearife hükmünde olması şarttır.
Buna binaen, bundan on asır evvel gelen insanlara fünun-u hâzırayı ders vermek veya garip meselelerden bahsetmek, onların zihinlerini şaşırtmaktan ve o insanları safsatalara atmaktan gayrı bir faide vermezdi. Meselâ, Kur'ân-ı Kerim, "Ey insanlar! Şemsin sükûnuna, arzın hareketineHaşiye ve bir katre su içinde
binlerce hayvanatın bulunduğuna dikkat ediniz ki azamet-i İlâhiyeyi anlayasınız" demiş olsaydı, bütün o zamanların insanlarını tekzibe sevk etmiş olurdu. Çünkü hiss-i zahirîye muhaliftir. Maahaza, on asırdan beri gelip geçen insanları şaşırtmak, yalnız fünun-u cedidenin zuhurundan sonra gelen insanları memnun etmek, makam-ı irşada muhalif olduğu gibi, ruh-u belâgatle de kabil-i telif değildir.