dinî tedris usullerini görmekle ve zamanın ihtiyac-ı zarurîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsus bir usul-ü tedris icad eder. Bu da, hakaik-i diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni izah ve beyan tarzlarıyla ispat etmek suretiyle talebelerini tenvir etmektir.
Molla Said, Van'da bulunduğu zamanlarda, bazı hususlarda o havalinin ulemasına muhalif bulunuyordu.Haşiye Bu hususlar şunlardır:
1. Kat'iyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabul etmemek. Evet, hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve daimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musibetler içerisinde yaşadığı halde kimseden para ve mukabelesiz hediye almadığı, bilmüşahede görülmüştür.
2. Hiçbir âlimden sual sormamak. Yirmi sene zarfında, daima ancak sorulanlara cevap vermişti. Bu hususta kendileri derlerdi ki: "Ben ulemanın ilmini inkâr etmem; binaenaleyh kendilerinden sual sormak fazladır. Benim ilmimden şüphe edenler varsa sorsunlar, onlara cevap vereyim."
3. Yanında bulunan talebelerini aynı kendisi gibi zekât ve hediye almaktan men etmek. Onları da yalnız rıza-yı İlâhî için çalıştırırdı. Hattâ çok zamanlar talebelerini kendi iaşe derdi.
4. Daima mücerred kalmak ve dünyada hiçbir şeyle alâka peyda etmemek. Bunun içindir ki, "Bütün malımı bir elimle kaldırıp götürebilmeliyim" demiştir. Bu halin sebebi sorulunca, "Bir zaman gelecek, herkes benim halime gıpta edecektir. Saniyen, mal ve servet bana lezzet vermiyor; dünyaya ancak bir misafirhane nazarıyla bakıyorum" derdi.
Van'da bulunduğu vakit, merhum Vali Tahir Paşa, Avrupakitaplarını tetebbu ederek kendisine sualler tertip edip sorardı. Bunların hiçbirisini görmediği ve Türkçeyi de yeni konuşmaya başladığı halde, cevabında tereddüt etmezdi. Birgün kitapları görür ve Tahir Paşanın bunlardan sual tertip ettiğini anlayarak az bir zamanda kitapların muhtevasını elde eder.
O zamanda en büyük gaye ve düşüncesi, Mısır'daki Câmiü'l-Ezher'e mukabil Bitlis ve Van'da "Medresetü'z-Zehra" isminde bir darülfünun vücuda getirmekti. Bu teşebbüsünü kuvveden fiile çıkarmak niyetinde olup bunu tasarlıyordu.
Van'da yaz zamanlarını, Bâşit ve Beytüşşebâb namındaki yaylâlarda geçiriyordu. Birgün Tahir Paşaya, mezkûr dağların başında Temmuz'da bile buz bulunduğunu söyler. Tahir Paşa itiraz eder ve "Temmuz'da