Afyon Mahkemesinin Risale-i Nur'u müsadere kararını, Mahkeme-i Temyiz esastan bozdu. Bozma kararında ileri sürdüğü sebeplerden birisi: Kararnamede suç unsuru gösterilen risalelerin, Denizli Ağır Ceza Mahkemesinde beraat eden eserlerden olup olmadığının zikredilmediği, şayet beraat edip iade edilen eserlerden ise, kararın yanlış olacağı, hem Temyizin tasdikinden geçip kaziye-i muhkeme haline gelen bir dâvânın yeniden taht-ı muhakemeye alınışının kanuna uygunsuz olduğudur.
Temyizin bozma kararından sonra, Afyon'da tekrar duruşma başladı. Bu şekilde mahkeme devam ederken iktidarı ele alan Demokrat Parti hükûmeti, umumî af ilân etti. Afyon Mahkemesi de af kanununun daire-i şümulüne girdiği için dosya ortadan kaldırıldı.Haşiye
ba
Afyon hadisesi başlamadan evvel Diyanet İşleri Reisi Ahmed Hamdi Akseki, Said Nursî'den iki takım Risale-i Nur eserlerini, bir takımını Diyanet İşleri Kütüphanesine koymak, bir takımını da şahsına alıkoymak için istemişti. Fakat hapis hadisesi çıktı, gönderilemedi. Üstad, hapisten sonra Emirdağı'na geldiği vakit, evvelce hazırlanan iki takımı tashih ederek Ahmed Hamdi'ye gönderdi ve aşağıdaki mektubu kendisine yazdı.
Muhterem Ahmed Hamdi Efendi,
Bir hadise-i ruhiyemi size beyan ediyorum: Çok zaman evvel zâtınız ve sizin mesleğinizdeki hocaların, zarurete binaen ruhsata tâbi ve azîmet-i şer'iyeyi bırakan fikirlerlerine, benim fikirlerim muvafık gelmiyordu. Ben hem onlara, hem sana hiddet ederdim. "Neden azîmeti terk edip ruhsata tâbi oluyorlar?" diye, Risale-i Nur'u doğrudan doğruya sizlere göndermezdim. Fakat, üç dört sene evvel kalbime, size karşı tenkitkârâne bir teessüf geldi. Birden ihtar edildi ki:
"Bu senin eski medrese arkadaşların olan başta Ahmed Hamdi gibi zatlar, dehşetli ve şiddetli bir tahribata karşı 'ehvenüşşer' düsturuyla bir kısım